大理茶(Camellia taliensis)属于山茶属茶组(Camellia sect. Thea)，是分布在云南西部和南部及临近境外地区的一种茶用植物，以其顶芽无毛或稀疏被毛、子房5室区别于顶芽被绢毛、子房3室、世界广泛栽培的茶(C sinensis)， 其叶片被用来制作普洱茶或红茶在当地市场销售。大理茶在云南有着悠久的利用和栽培历史，对其可能的利用历史可追溯到唐代的文字记载。在滇西和滇南茶区，历史上曾经有过大面积的大理茶园，但近一两百年来，它们逐渐被大叶茶(C. sinensis var. assamica)所替代。本世纪初，由于市场对普洱茶的热炒，导致云南绝大面积的野生大理茶都被疯狂砍伐、采光叶片或挖走栽培，对这一茶树物种的自然资源几乎造成了毁灭性的破坏。
为研究大理茶的遗传多样性、栽培起源和驯化问题，中国科学院昆明植物研究所赵东伟、杨俊波、杨世雄同日本冈山大学、合肥工业大学研究人员合作，利用核基因组14个微卫星位点，对采自云南西部、南部和临近境外地区大理茶的16个野生、5个栽培和4个近期驯化居群共587份样品进行了分析。研究结果显示，大理茶总体的遗传多样性处于较高的水平，野生大理茶的基因多样性和等位基因丰富度要显著地低于栽培或近期驯化的居群，表明人为破坏显著地降低了大理茶野生种群的遗传多样性水平。在此情况下，只能通过比较栽培和近期驯化居群间的遗传多样性差异来寻找可能的、驯化导致的遗传瓶颈效应。分析表明，栽培大理茶的遗传多样性水平略有降低，但差异并不显著，说明对大理茶的驯化并未出现显著的遗传瓶颈效应，这可能与其较长的生活史周期、居群间较高的基因流水平等因素有关。
世系分析和聚类分析的结果显示，栽培大理茶可能主要来源于滇西中部的森林，包括保山西部和临沧北部的亚热带山地常绿阔叶林，并伴随着可能的人为较长距离的传播。这一研究结论与实地调查和民族植物学研究结果较吻合。在临沧北部的茶区，当地历史上有“斗茶”的传统。人们从各地赶来参加斗茶，胜出者提供茶树种子分给众人种植。通过这些人类活动，栽培大理茶的种质资源得以长距离传播。近期对野生大理茶的直接驯化活动也表明，栽培大理茶并非一次起源于自然种群，在历史上长期驯化的过程中极有可能也伴随着野生种质资源零星地、不间断地进入到栽培茶园中。
本研究揭示了人为砍伐采摘活动对大理茶自然资源的破坏程度，也表明对大理茶的驯化可能还处在较为初级的水平。大理茶是珍贵的地方茶树种质资源，能够为茶树的品种选育提供独特的遗传基础，亟需得到有效保护和合理开发利用。
相关研究结果在BMC Plant Biology 上在线发表。研究得到了国家自然科学基金面上项目(31270246，30870169)、中国科学院大科学装置研究项目(2009-LSF-GBOWS-01)和日本学术振兴会(JSPS)亚洲CORE项目“东亚重要植物遗传资源合作研究和教育中心”的联合资助。
